The absence of unambiguous transitional fossils is illustrated by the fossil record of whales. The earliest forms of whales occur in the rocks of the Eocene age, dated some fifty million years ago, but little is known of their possible ancestors. By and large, Darwinists believe that whales evolved from a land mammal. The problem is that there are no clear transitional fossils linking land mammals to whales. If whales did have land dwelling ancestors it's reasonable to expect to find some transitional fossils. Why? Because the anatomical differences between whales and terrestrial mammals are so great that innumerable in-between stages must have paddled and swam the ancient seas before a whale as we know it appeared. So far these transitional forms have not been found.と高らかに、クジラへのミッシングリンクはないのだと書いてあった。
明白な移行形態の化石の欠如は、クジラの化石記録の例でも示される。クジラの最も初期の形態は始新世の時代（約5000万年前）の岩に残されている。しかし、彼ら先祖については、ほとんど何もわかっていない。おおよそ、ダーウィニストはクジラが陸上の哺乳類から進化したと考えている。問題は、陸上の哺乳類とクジラをつなぐ以降携帯の化石がないということだ。クジラに陸上で生息する祖先がいたなら、少しは移行形態の化石が見つかると考えるのが合理的だ。何故か？ それは陸上の哺乳類とクジラの解剖学的違いはとても大きいので、現在知っているクジラが出現する前に、四足歩行と水の中を泳ぐ形態の間に多くの移行形態がなければならない。しかし、未だに、移行形態の化石は見つかっていない。
しかし、その後に、カバの仲間の祖先から分岐してクジラへと進化した過程の化石がいろいろ見つかって、この隙間は埋められた。
たとえば、"進化大全"[Amazon]や、その著者であるサイエンスライターCarl Zimmer氏のブログ記事など参照：
==> LOOM: The Steps of the puzzle [2005/09/22]
==> LOOM: The Origin of the ridiculous [2006/08/15]
これについて、インテリジェントデザインの本山たるDiscovery InstituteのCasey Luskinは、Discovery InstituteのフェローでもあるDr. Jonathan Wellsの新刊本の書評において：
Wells also concedes that claims from an old pro-ID textbook "Of Pandas and People" were overturned when scientists later discovered fossils cited to support the evolution of whales.とってもインテリジェントデザインは謙虚・誠実だとCasey Luskinは言う。
Jonathan Wellsも、後に発見されたクジラの進化を支持する化石を科学者が見つけたときに、古いインテリジェントデザイン支持な教科書"Of Pandas and People"の主張がひっくりかえされたと認めた。
しかし、インテリジェントデザイン運動のRobert Crowtherは
Tiktaalikは中間形態化石ではなく、モザイクだと言ってみたり、Casey Luskinは
魚のヒレと四足歩行動物の四肢の間のギャップを埋めるのにはあまり成果はないと言ってみたりで、ちっとも謙虚・誠実ではなかったが。
それはさておき、Casey Luskinの挙げた"クジラの移行形態化石がない"の化石発見による反証は、インテリジェントデザイン理論家Dr.William A. Dembskiは、2001年1月に「Is Intelligent Design Testable?」におけるインテリジェントデザインは反証可能性：
Intelligent design is eminently falsifiable. Specified complexity in general and irreducible complexity in biology are within the theory of intelligent design the key markers of intelligent agency. If it could be shown that biological systems like the bacterial flagellum that are wonderfully complex, elegant, and integrated could have been formed by a gradual Darwinian process (which by definition is non-telic), then intelligent design would be falsified on the general grounds that one doesn't invoke intelligent causes when purely natural causes will do. In that case Occam's razor finishes off intelligent design quite nicely.に相当する。すなわち、"God of the gaps"論の反証方法は、隙間を埋めること。
インテリジェントデザインはきわめて反証可能である。一般における指定された複雑さと、生物学における還元不可能な複雑さは、インテリジェントデザイン理論の範囲内でインテリジェントエージェンシーの重要な目印である。素晴らしく複雑で、エレガントで、統合されているバクテリアの鞭毛のような生物システムが、定義上では非目的である、漸進的なダーウィンの過程で形成され得るなら、インテリジェントデザインは、純粋に自然の原因によって説明されるとき、インテリジェントな原因を呼び出す必要がないという一般的な根拠において、反証されるだろう。その場合は、オッカムの剃刀によりインテリジェントデザインはまったくうまく始末する。