またおまえか... Lynn Margulisのいんちき査読プレイ

「蝶や蛾の毛虫は、別の生物との交配によって生じた」というDonald WilliamsonのPNAS掲載論文が撃墜された：

[Jerry Coyne: "Controversal paper on origins of caterpillars debunked" (2009/10/29) on Why Evolution Is True]

毛虫の起源について論争対象な論文がデバンクされた。


You may remember that in September, retired Liverpool professor Donald Williamson published a paper in The Proceedings of the National Academy of Sciences claiming that the caterpillar stage of the butterfly/moth life cycle arose when an ancient lepidopteran mistakenly mated with a velvet wom (onychophoran), producing an inter-taxon hybrid that had an adult butterfly but the larval form of the worm. The whole idea seemed ludicrous for many reasons (I called it “the worst paper of the year“), but of course ultimately Williamson’s view needed a formal appraisal in the scientific literature.

Now, in ,a href="http://www.pnas.org/content/early/2009/10/22/0910229106">a new paper in PNAS, Michael W. Hart and Richard K. Grosberg give this appraisal and conclude that, on the basis of data that already exist, Williamson’s idea is full of it. Among their criticisms are these:

9月に、Liverpoolの教授を退官したDonald WilliamsonがPNASに、「蝶や蛾のライフサイクルの毛虫の段階の起源が、古代の鱗翅類が誤ってvelvet wom（onycophoran）と交雑により、成虫な蝶とワームの幼虫携帯を持つ分類群の間の雑種を生じたことだ」という論文を発表したことを覚えているだろうか。多くの点で、この考えはおかしすぎる。私はこの論文を今年最悪だと評した。しかし、Williamsonの見方は最終的には科学論文誌で、正式な評価が必要だ。

そして今やPNASのああらしい論文で、Michael W. Hart and Richard K. Grosbergは、これを既存データに基づいて再評価し、Williamsonの考えはまったくデタラメだと結論した。彼らの批判は：

1. Contrary to Williamson’s prediction, the genomes of Lepidoptera are generally smaller than those of other orders of insects that lack the larval stage, and are certainly not the large size you’d expect if modern butterflies resulted from hybridization between a purely flying ancestor and a wormy onycophoran.

Williamnsonの予測に反して、Lepidopteraのゲノムは一般に、幼虫段階のない昆虫のゲノムよりも短く、現代の蝶が、空を飛ぶ昆虫とワームなonycophoranの間の交雑から生じたと考えるに十分な長さではない。

2. Similarly, contrary to Williamson’s predictions, the genomes of onycophorans are not smaller than those of Lepidoptera or of other “holometabolous” insects that undergo a striking transformation between larval and adult stages.

同様に、Williamnsonの予測に反して、onycophoranのゲノムは、Lepidopteraや、幼虫から成虫への著しい変態を経るholometabolousな昆虫のゲノムより短くない。

3. Contrary to Williamson’s prediction, DNA sequencing shows NO close relationship between any lepidopteran genes and any genes in onycophorans.

Williamnsonの予測に反して、DNAシーケンスは、Lepidopteraの遺伝子と、onycophoranのいかなる遺伝子の間にも近い関係が見られない。

There is other evidence as well, but the above is sufficient to completely refute Williamson’s claims. I stand by my characterization of his paper as the worst of the year.

You can see Scientific American’s report on the Hart and Grosberg paper here.

他にも証拠はあるが、これだけでもWilliamsonの主張を論破するのに十分だ。私はWilliamsonの論文を今年最悪とする立場をとる。

さて、そもそも、こんな論文がPNASに乗った理由について、Jerry Coyneは次のように述べる:

The remaining issue is how did this execrable piece of work get published in the first place? The communicating editor was Lynn Margulis, who is a huge booster of evolutionary processes that involve hybridization, undoubtedly because of her pathbreaking work showing that mitochondria and chloroplasts of eukaryotic cells used to be bacteria. She even wrote a book suggesting that hybridization may be the key to understanding the origin of species. (She’s wrong except for allopolyploidy in plants.) Handling this paper, Margulis appeared to violate journal policy by asking reviewer after reviewer to look at it until she got the positive reviews needed to assure publication. But, as Scientific American reports:

残る問題は、この忌まわしい論文が、そもそも掲載された理由だ。連絡を取っていた編集者は、ミトコンドリアと葉緑体が元は細菌だったという画期的論文を書いていて、交雑による進化過程という考え方の、疑いようもなく強力な支持者であるLynn Margulisだった。彼女はさらに、交雑が種の起源の理解のカギかもしれないという本を書いている。（彼女は、植物の異質倍数性をのぞいて間違っている。）このWilliamsonの論文の扱いで、Lynn Margullisは、論文誌PNASのポリシーを破って、論文掲載を保証するために必要な肯定的レビューが手に入るまで、査読を要請していた。Scientific Americanによれば:

In August, when Williamson’s paper was published, Margulis told Scientific American that she needed “6 or 7″ peer reviews to secure the “2 or 3″ positive responses needed to present the work for publication. That statement set off a cascade of criticism of PNAS’s two-tiered submission process and, according to Nature News, led the journal’s editor in chief to write to Margulis demanding “a satisfactory explanation for [her] apparent selective communication of reviews.” Her reply, obtained by Nature News, explained that three researchers had declined for scheduling reasons or lack of expertise, and two were omitted from the official PNAS submission because they lacked formal credentials.

8月にWilliamsonの論文が掲載されたとき、Lynn Margulisは掲載に必要な2〜3個の肯定的レビューを得るために、6〜7個の査読が必要だったと、Scientific Americanに語っていた。Mature newsによれば、この発言は、PNASの2段階投稿プロセスへの批判のカスケードを招き、編集長はLynn Margulisに対して、査読者との選択的連絡について満足のいく説明を求めた。Nature Newsが入手した彼女の回答は、3人の査読者がスケジュールの都合もしくは専門分野ではないと辞退し、2人が研究歴がないためPNASの公式投稿からオミットされていたというものだった。

Um. . . “lacked formal credentials”?? Why, then, were these reviewers asked in the first place? Shame on PNAS for publishing Williamson’s paper; it was a complete waste of journal space and required several scientists who are busy with other things to sit down and refute it.

うむむ... 「公式な研究歴がない」？　では何故、彼らに査読を求めたのか？　Williamsonの論文を掲載したのはPNASの恥だ。これはまったくの論文誌スペースの無駄遣いであり、これを論破するために多忙な研究者の時間を必要とした。

「また、おまえか」と言いたくなるLynn Margulisだ。

==>細胞共生説のLynn Margulis教授 on HIV/AIDS (2007/09/19)