2007/03/14

"Designed to Evolve ?"

Andreas Wagner: "Robustness and Evolvability in Living Systems" on Princeton Pressに「RNAシーケンス空間の特徴は、すべての頻出する構造が、シーケンス空間内の近いところにある」という成果が書かれていたことについて、インテリジェントデザイン理論家Dr. William Dembskiと仲間達のブログUncommon Descentのjohnnybが2007年3月10日付のエントリ「RNA Designed to Evolve?」で「進化するようにデザインされた?」と書いたところから始まるコメント欄のよろめき...
[via PvM: RNA Designed to Evolve? (2007/03/10) on Panda's Thumb]

まずは本文から:
I’m currently working through Robustness and Evolvability in Living Systems, and came across the following information which seems to be right in line with Denton’s evolution by natural law ideas:

私は生物システムの堅牢性と進化能力について調べていて、Dentonの自然法則による進化に沿って正しいと思われる次の情報に遭遇した:
A final, especially counterintuitive feature of RNA sequence space is that all frequent structures are near each other in sequence space. Consider a randomly chosen sequence that folds into a frequent structure and ask how far one has to step away from the original sequence to find a sequence that folds into this second structure... For instance, for RNAs of length n = 100 nucleotides, a sphere of r = 15 mutational steps contains with probability one a sequence for any common structure. This implies that one has to search a vanishingly small fraction of sequence space…to find all common structures.

最終的に直感に反するRNAシーケンス空間の特徴は、すべての頻出する構造が、シーケンス空間内の近いところにあるということだ。よくある構造のひとつをランダムに選んで、第2の構造を見つかるまでの距離を考えてみよう。たとえば、長さn = 10の0ヌクレオチドのRNAのために、いかなる一般構造のシーケンスもr=15の突然変異ステップに確率1で含まれる。すべての一般構造を見つけるのに、シーケンス空間の非常に小さい部分をさがせばよいことを意味する。
RNAをめぐる進化がわりと簡単であることがわかって、Uncommon Descentのインテリジェントデザイン支持な住人は...

なお、Uncommon Descentのコメント欄はモデレートされているの敵対的なコメントは掲載されないか、されても削除される。従って、おおよそ親インテリジェントデザインなコメント群のみのはずなのだが...

[1] Joseph

"Designed to evolve" -- That is a phrase that every IDist should use regularly.
That one simple phrase makes it clear that ID is NOT anti-evolution, along with demonstrating the debate is all about mechanisms- culled genetic accidents vs. design.
...
And by design it is meant that there is, at a minimum, a goal/ target, ie purpose to the evolutionary process.

「進化するようにデザインされている」-- このフレーズはすべてのインテリジェントデザイン支持者がいつも使うべき言葉だ。
この唯一つの単純なフレーズがインテリジェントデザインが反進化論でないことを明らかに示す。そして議論が、遺伝子の事故の機械論的選別 vs デザインであることを明示する。
「インテリジェントデザインは反進化論ではない」と言っている住人たちがいる。進化の方法が「ランダムな突然変異」ではなく「デザインだ」という主張。これはインテリジェントデザイン支持者共通理解ではなく、このUncommon Descentで見られる現象。

ただ「進化するようにデザインされている」は禁句に近い。これを言い出すと、「進化するようなデザイン」だと進化論で説明できないポイントまで遡って、生物あるいは器官をデザインだと主張できる。「属性不明なデザイナーが、不明な時点で、不明な操作を、不明な方法で実行した」という主張に落ちてしまうからだ。さらには、宇宙誕生以前にまで遡ってしまうフロントローディングも視野に入り、有神論的進化論と一体化しかねない。

ということで:
[3] idnet.com.au

"This implies that one has to search a vanishingly small fraction of sequence space...to find all common structures."

すべての一般構造を見つけるのに、シーケンス空間の非常に小さい部分をさがせばよいことを意味する。

Who is the “one” who searches the space?

シーケンス空間をさがす「人」は、誰か?

Does this not rather imply that in naturalistic models of origins a vanishingly small fraction of sequence space must be found by chance in the first place to make any one of the known useful structures. In real living systems the structures are only of any use at all when they are organised in a coordinated group.

これが、起源の自然主義的なモデルにおいて、既知の有効な構造のどれかひとつをつくるにも、まず偶然にシーケンス空間の非常に小さな部分が見つけることが必要とは意味しない。現実の生物では
調整されたグループに組織化されたとき、その構造はいかなる用途にも役立つ。

Does this not imply that RNA is designed around a tight set sequence space because of constructional and functional constraints?

構造的および機能的制約のために、RNAが非常に小さなシーケンス空間にデザインされていることを意味しないか?
その昔、ダーウィンは自然選択だと選択者の存在を示唆するので、適者生存という用語も併置した。その理由がわかるようなコメント。それはさておき、なんだかんだ言いつつ「進化するようにデザインされた」に同意。
このパターンはDembski自身もナイロンを食べるバクテリアの進化で、「簡単な突然変異で発現するようにデザインされたかもしれない」という形で使っている[忘却からの帰還: ナイロンを食べるバクテリアは進化の証拠ではない by Dembski]。

[5] Jehu

Designed to evolve? This just seems silly. You reduce ID to a tautology. First you argue, it couldn’t have evolved by random chance. Then when random chance is not a problem, you argue it was designed to evolve.

進化するようにデザインされているだって? それは馬鹿みたいだ。それではインテリジェントデザインはトートロジーになる。まず、それは偶然では進化できないという。偶然が問題にならなくなると、それは進化するようにデザインされていると言う。

As for the phrase “RNAs of length n = 100 nucleotides, a sphere of r = 15 mutational steps contains with probability one a sequence for any common structure.” Can you elaborate on what that means?

「長さn = 10の0ヌクレオチドのRNAのために、いかなる一般構造のシーケンスもr=15の突然変異ステップに確率1で含まれる」というフレーズについて、それが意味するところをどう言う?
ここでようやく、「進化するようにデザインされた」を許さない住人登場か?

Jehuを潜入した敵とみなした?Josephが長めの反応:
[6] Joseph
Jehu:
Designed to evolve? This just seems silly.
進化するようにデザインされているだって? それは馬鹿みたいだ。


Is it more silly than “evolved by culled genetic accidents”?
「選別された遺伝子の事故による進化」よりも馬鹿か?

We have to weigh the data against the options.
我々は、データをオプションと比べて考えないといけない。
Jehu:
You reduce ID to a tautology.
それではインテリジェントデザインはトートロジーになる。

I call it a starting point from which to launch our investigation. Design is an impetus.
私は、それを我々の調査を開始する出発点と呼ぶ。デザインは刺激である。

Jehu:
First you argue, it couldn’t have evolved by random chance.
まず、それは偶然では進化できないという。

First we argue there isn’t any evidence to support random chance. Then we say we know intelligent agencies can produce things like that. It's the ole “data v options” thingy.
まず、我々はランダムな偶然を支持する証拠がないと主張する。それから、我々はインテリジェントエージェントがそんなものを生じさせうると知っていると言う。それは、古い「データvsオプション」なんとかだ。

Jehu:
Then when random chance is not a problem, you argue it was designed to evolve.
偶然が問題にならなくなると、それは進化するようにデザインされていると言う。


This is what is said:
これは、言われた内容だ
Intelligent design is a good explanation for a number of biochemical systems, but I should insert a word of caution. Intelligent design theory has to be seen in context: it does not try to explain everything. We live in a complex world where lots of different things can happen. When deciding how various rocks came to be shaped the way they are a geologist might consider a whole range of factors: rain, wind, the movement of glaciers, the activity of moss and lichens, volcanic action, nuclear explosions, asteroid impact, or the hand of a sculptor. The shape of one rock might have been determined primarily by one mechanism, the shape of another rock by another mechanism.
インテリジェントデザインはいくつかの生化学システムの良い説明であるが、注意書きを加えるべきだ。インテリジェントデザイン理論は、前後関係で見られなければならない。インテリジェントデザイン理論はすべてを説明しようとするものではない。我々は、たくさんの異なることが起きうる複雑な世界に住んでいる。様々な岩がどのように形成されたか考えるとき、地質学者は要因の全部の範囲を考慮するかもしれない。雨、風、氷河の動き、コケや苔、火山活動、核爆発、隕石落下、彫刻家の手など。ひとつの岩の形は、主としてひとつのメカニズムによるかもしれなが、別の岩の形は別のメカニズムによるものかもしれない。

Similarly, evolutionary biologists have recognized that a number of factors might have affected the development of life: common descent, natural selection, migration, population size, founder effects (effects that may be due to the limited number of organisms that begin a new species), genetic drift (spread of “neutral,” nonselective mutations), gene flow (the incorporation of genes into a population from a separate population), linkage (occurrence of two genes on the same chromosome), and much more. The fact that some biochemical systems were designed by an intelligent agent does not mean that any of the other factors are not operative, common, or important.
同様に、進化の生物学者は、いくつかの要因が生物の成長に影響を及ぼしたかもしれないと認めている。共通祖先、自然淘汰、移動、集団サイズ、創設効果(新しい種となった生物の限定された個体数の影響)、遺伝的浮動(中立・非選択な突然変異の広がり)、遺伝子拡散(ある集団から別の集団への遺伝子の編入)、交叉(同じ染色体の2つの遺伝子の発生)など。いくつかの生化学システムがインテリジェントエージェントによって設計されたという事実は、他の要因の何も動いていないとか、一般的でないか、重要でないことを意味しない。
始めの勢いから馬鹿をさらすかと思いきや、まっとうなインテリジェントデザインな引用をするJosephである。何が何でもデザインだという拠点死守作戦はしないというもの。

[7] nullasalus
First you argue, it couldn’t have evolved by random chance. Then when random chance is not a problem, you argue it was designed to evolve.

まず、それは偶然では進化できないという。偶然が問題にならなくなると、それは進化するようにデザインされていると言う。

Well, no, because ‘random chance’ doesn’t cease to be an issue here. The argument is that what looks like random chance actually is not. Someone here has used the casino argument before: If you have 1000 slot machines, ‘random chance’ is determining pretty much every pull of the lever. But the ultimate result - a profitable casino - was intentional.

ランダムな偶然はここでは問題を終わりにしない。ランダムな偶然に見えるものが実はそうではないというのが論である。誰かがここで以前にカジノ論を使った。1000台のスロットマシンがあれば、ランダムな偶然は、レバーを引くたびに決定する。しかし、最終的結果たるカジノの利益は意図的だ。

In other words, “random v design” is a false argument, because design doesn’t argue the lack of randomness. I may be wrong, but even in the case of IC structures I don’t believe that the ID camp argues that the results are impossible without a miracle. They just argue that the presence of such structures indicates that certain results of evolution weren’t happy accidents, but may have been - through whatever process - intentional.

言い換えると、デザイン論はランダムな偶然がないと論じるわけではないので、「ランダムvsデザイン」は間違った議論だ。私は間違っているかもしれないが、還元不可能に複雑な構造について、インテリジェントデザイン陣営が奇跡なしにはありえないと論じているわけではないと思っている。そのような構造の存在が、進化の特定の結果が幸運偶然ではなく、いかなるプロセスにせよ意図的なものだと示唆すると論じているだけだ。

(For the record, even full-on darwinists would have to argue that not all known 'evolution' is random chance. They just think intelligent design occurred vastly later than when ID proponents think it showed up. Random chance as commonly defined didn't result in scottish terriers.)

完全なダーウィニストであっても、既知の進化のすべてがランダムな偶然というわけではないと論じるべきかもしれない。彼らはインテリジェントデザイン支持者が考えるよりも、はるかに後でインテリジェントデザインが起きたと考えている。普通の定義でのランダムな偶然ではスコッチテリアは生まれない。
さらに、「何が何でもデザインだ!!」というわけではないというコメント。

[8] bFast

“Designed to evolve” = the front-loading hypothesis. There’s a lot to be said for the front-loading hypothesis, but I personally am more convinced of frequent acts of agency. Though I think that life is designed to withstand, even periodically benefit from, random accidents, I don’t beleive that random accidents + the great cull engine in any way accounts for life’s divercity.

「進化するようにデザインされている」はフロントローディング仮説だ。フロントローディングについて言うべきことは山ほどあるが、個人的にはもっとエージェンシーが役割を果たす方が納得できる。私は、生物が定期的にランダムな事故から利益を得るようにデザインされていると考えているが、ランダムな事故+偉大な選択エンジンがいかなる形にせよ、生命の多様性を説明するとは信じない。

"evolved by culled genetic accidents" Now that defines the RM+NS hypothesis beautifully!
「遺伝子事故の選別による進化」は、ランダムな突然変異と自然選択の仮説を見事に定義する!
「進化するようにデザインされている」=「フロントローディング」=「有神論的進化論」という連想が働きだしたようで、不断の介入を求める発言が...
この立場は、おおよそ"古い地球の創造論"である。

で、急にここで、複数デザイナー理論?登場か:
[9] EJ Klone

This is a fascinating concept, one that we shouldn’t pass up when putting together a comprehensive ID Theory. It’s one of the reasons why I criticize not considering the intentions of the designer - because through hypothesizing about those intentions, and their ability to fulfill those intentions, we can actually test our ideas.

これは、包括的なインテリジェントデザイン理論をまとめるときに、見逃してはならない魅力的なコンセプトだ。それは、私が、デザイナーの意図を考慮しないことを批判する理由の一つだ。というのは、それらの意図およびその意図を実現する能力について仮説を立てることで、我々は実際に我々の考えを検証できるからだ。

In order to consider RNA and other aspects of organisms as "designed to evolve", then we must postulate that the designer(s) intended for their designs to be capable of some evolution.

RNAと生物の他の面が進化するようにデザインされたと考えるためには、我々はデザイナーが進化するようなデザインを意図したと仮定しなければならない。

Another reason why the negative argumentation strategy can run us into a dead end. Let's say that the designers made living organisms that could have evolved IC structures, but some of them didn't. Finding out whether or not it is possible to evolve them in that case would not de facto establish that it wasn't designed. Only by including the intentions and properties of the designers can we understand why certain organisms or structures within previously existing organisms were designed.

もうひとつの理由は、"Negative Argument"戦略がデッドエンドに突っ込むことになるからだ。デザイナーはある生物たちを還元不可能に複雑な構造を進化させられるようにし、他のものをそうしなかったと言おう。それが進化可能かどうかがわかっても、それがデザインされていないとは確認できない。デザイナーの意図と属性を考慮に加えることで、ある生物や構造が既存の生物の枠内でデザインされた理解できる。
"designers"と複数形で語るKloneは、デザイナーの意図を問うべきという"複数デザイナー理論"のようなことを言い出す。"Negative Argument"はインテリジェントデザインを証明しないというまっとなことを珍しくインテリジェントデザイン支持者から聞くことになるとは。

で再びJehu登場:
[10] Jehu

Joseph

"Designed to evolve" is a real possibility for a design goal and we see it attempted with computer simulations. However, nothing you have said gets away from the fact that it reduces ID to a tautology.

「進化するようにデザインされた」はデザインのゴールのひとつの可能性であり、それはコンピュータシミュレーションでわかるものだろう。しかし、何を言っても、それはインテリジェントデザインをトートロジーに落とすという事実からは逃れられない。

IDist: “Evolution by random chance is impossible, it is outside the unverisal probability bound.”
IDist:「ランダムな偶然による進化は不可能だ。宇宙の可能性の外側だ。」

Darwinist: “No it isn’t, see the probability of finding these RNA structures is quite good.”
ダーウィニスト:「それは違う。これらRNA構造を見つける確率はとてもいい」

IDist: “If the outcomes are probable then it must have been designed to evolve.
IDist:「ありえるならば、それは進化するようにデザインされたはずだ」

It heads you win, tails they lose.
表が出れば君の勝ち、裏が出れば彼らの負け

...
さらにくいさがるJehuといったところ。
このあとも延々とコメントは続く...



一方、これを見ていたPanda's Thumbは

Panda's ThumbのPvMによる2007年3月10日付のエントリ「PvM: RNA Designed to Evolve?」の
Rupert Goodwinsによるコメント
で:
Reading the rest of the discussion on UD, it seems as if they're inching their way towards the strong anthropic principle.
UDでの議論を見ていると、強い人間原理へ向かって苦労して進んでいるようだ。

Perhaps we could categorise all creationist theories along a scale from 0 to 100:
たぶん創造論を0〜100のスケールにカテゴライズできて:

0 - No intentional act of creation, no creator
10 - Creator set in place physical laws for a universe, then stepped back
20 - Creator set in place physical laws designed to permit life, then stepped back
30 - Creator set in place physical laws designed to permit life, then made ongoing adjustments to results until basics of self-replicating life were in place
40 - As 30, except ongoing adjustments continued for elements of complex organisms
50 - As 40, except ongoing adjustments are continuing today
60 - Creator explicitly created complex organisms from nothing
70 - As 60, and ‘laws of physics’ are not as science thinks of them today
80 - As 70, except creation continues today
90 - All things exist under the direct and immediate control of the creator, nature is unknowable
100 - All things are just figments of the creator’s imagination

0 - 創造主の意図的行動なし・創造主なし
10 - 創造主は宇宙に物理法則を配備して、いなくなった
20 - 創造主は生物が出現する物理法則を配備して、いなくなった
30 - 創造主は生物が出現する物理法則を配備して、複製できる生物の基礎ができるまで調整を続けた
40 - 創造主は生物が出現する物理法則を配備して、複製できる生物の基礎ができ、複雑な器官の要素ができるまで調整を続けた
50 - 創造主は生物が出現する物理法則を配備して、複製できる生物の基礎ができ、複雑な器官の要素ができるまで調整を続けて、現在も調整を続けている
60 - 創造主は無から複雑な器官を直接創造した
70 - 創造主は無から複雑な器官を直接創造し、そのときの物理法則は現在のものとは違う
80 - 創造主は無から複雑な器官を直接創造し、そのときの物理法則は現在のものとは違い、現在も創造は続いている
90 - 万物は創造主の直接即時の制御のもとにあり、自然は不可知
100 - 万物は創造主の空想

Sort of a Richter scale for creationism. ID would sit, I think between 30 and 50 - but only because a step back to 20 would leave evolutionary theory entirely untouched and going to 60 would be indistinguishable from classic creationism even to them (although I don’t know what in ID prevents wholesale creation a la Genesis). The scale also doesn’t differentiate the idea that man was created directly by God, with everything else being as it appears, although it might be somewhere in the high 50s.

創造論のスケールのたぐい。インテリジェントデザインの位置は、30〜50だと思うが、それは20までいくと進化論にまったく手を付けないことになり、60までいくと古典的な創造論と区別がつかなくなるから(とはいえ、何がインテリジェントデザインを創造論卸売りにさせないのかは知らないが)。またスケールでは、人間が神によって直接創造されたという考えと、すべてが創造されたという考えを区別していないが、おそらくそれは50の上の方に位置するだろう。

But the pressure is certainly on to move ID down the scale to the 20s, where strong anthropic theory lies, because until the ideas of specified complexity (or whatever it’s called today) have been shown to have validity there’s just no reason for ID to pick its ground any higher, except through belief.

しかし、インテリジェントデザインを、強い人間原理の位置する20台へと押し下げるプレッシャーがかかっている。というのは、今どう呼ばれているか知らないが、指定された複雑さの考えが有効だと示されるまで、インテリジェントデザインをそれ以上の位置に引き上げる理由が、信仰以外にないからだ。

The arguments in that UD discussion seem to implicitly accept that, since some of the participants are now saying “well, even if physical laws allow that [the small space in which RNA variations live] then how likely is THAT to just have happened? Eh? Eh? See! Proof!”

Uncommon Descentの議論は暗黙のうちにこれを受け入れているようだ。というのは、コメンターの一部が今や「RNAのバリエーションが狭い空間にあると物理法則が許しても、それが起きるのはどれくらいの確率だ?え?え?証明は?」と言っているからだ。
なかなかわかりいいコメント。

posted by Kumicit at 2007/03/14 00:00 | Comment(0) | TrackBack(0) | Dembski | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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