2007/08/07

Beheの知らないHIVの突然変異

Dr. Michael Beheの久し振りの新刊2Edge of Evolution"にツッコミを入れるPanda's Thumbの執筆者たちに、ゲストでAbbie Smithが加わった。

Abbie Smithが対象としたのは、BeheがHIVは突然変異しまくっても機能を変えていないことを挙げて、進化はないと主張した部分。
Like malaria, HIV is a microbe that occurs in astronomical numbers. What’s more, its mutation rate is 10,000 times greater than that of most other organisms. So in just the past few decades HIV has actually undergone more of certain kinds of mutations than all cells have endured since the beginning of the world. Yet all those mutations, while medically important, have changed the functioning virus very little. It still has the same number of genes that work in the same way. There is no new molecular machinery. If we see that Darwin’s mechanism can only do so little even when given its best opportunities, we can decisively conclude that random mutation did not build the machinery of life.

マラリアのようにHIVは天文学的な数が存在している微生物である。さらに、その突然変異率は他の多くの生物たちの1万倍も大きい。なので、過去数10年でHIVは実際に、あらゆる細胞が世界の始まりから経験した以上の突然変異を経験している。これらの突然変異は医学的には重要だが、ウィルスの機能をほとんど変えていない。いまもなお、同じ数の遺伝子が、同じように働いている。いかなる新しい分子機械も出現していない。もし、このようなベストな機会であっても、ダーウィンのメカニズムがこれだけしか実現しないとするなら、ランダムな突然変異は生物機械を創れないと確実に結論できる。
[Michael Behe: "Edge of Evolution"]
これについて、Abbie Smithは次のように誤りを指摘する。
Vpu is, in fact, a new gene[1]. Of the five major phylogenetic groups of SIV, Vpu is only found in one group– Chimpanzee SIV (SIVcpz) and its descendants – including HIV-1. It is absent in all of the other major lineages (Sooty Mangabey, African Green Monkey, Sykes Monkey, and L’Hoest Monkey). This means that Vpu is in HIV-1 but not HIV-2[2].

Vpuは事実、新しい遺伝子である。Vpuは、5つの主要な系統のSIV群のうち、チンパンジーSIV(SIVcpz)群とHIV-1を含む子孫にしか見つからない。他のすべての主要な系統には見られない。これはVpuがHIV-1にあって、HIV-2にないことを意味する。

SIVcpz Vpu and HIV-1 Vpu act in different ways, biochemically, which is predictable enough when you do something as simple as comparing amino acid sequences. For instance, if you compare a laboratory strain gag to SIVcpz gag, you get a similarity of ~75%.[3] Not too shabby. On the other hand, if you compare the subunit portion of env (the gene I use to create phylogenetic trees because it’s the most variable between viruses) you get an AA similarity of only ~59.5%.

SIVcpz VPUとHIV-1 Vpuは生化学的に違った働きをする。これはアミノ酸シーケンスを比較するのと同じくらいのことをすれば十分に予測可能なことである。たとえば、研究室の系統のgagとSIVcpzのgagを比べれば、類似度は75%程度である。それほど違っていない。一方、系統樹を作るのに私が使った遺伝子であるenv部分のサブユニットを比べれば、アミノ酸類似度は59.5%程度となる。この部分はウィルスの間で最も変異が大きいところである。

The amino acid similarity between HIV-1 Subtype B Vpu and SIVcpz Vpu is ~37%. Ah but that study was published in 1990. Perhaps things are different now? I found the AA sequence of NL4-3 (lab standard Subtype B) and several recently entered SIV cpz sequences at the Los Alamos National Laboratory HIV Sequence Database[4] – I got the same numbers. Highest was ~39% AA sequence similarity.

HIV-1 Subtype B VpuとSIVcpz Vpuのアミノ酸類似度は37%程度である。あらら、これの研究は1990年に発表されている。おそらく今では違っているかも?研究室の標準Subtype BであるNL4-3のアミノ酸シーケンスと、最近LANLのHIVシーケンスデータベースに格納されたSIVcpzのシーケンスを比べても、類似度は違っていない。最大で39%程度である。

Turns out a LOT of evolution has been going on in HIV-1 since it was transferred to humans 50-60 years ago. What are the biochemical implications of these differences?

ということで、50〜60年前に人間に感染してから、HIV-1は多くの進化をとげてきた。これらの違いは生化学的に何を意味するのだろうか?

1. A novel gene of HIV-1, vpu, and its 16-kilodalton product
2. Diversity and Evolution of Primate Lentiviruses
3. Genetic organization of a chimpanzee lentivirus related to HIV-1
4. LANL HIV Sequence Database

[Abbie Smith: ERV & HIV versus Behe. Behe loses. (2007/08/02) on Panda's Thumb]
1990年に発表された論文にある内容をBeheは知らなかったという指摘。

普通に研究屋なら論文執筆時点では気がつく可能性が高いと思われる。Introductionを書くために過去の文献を調べるからだ。100本くらいに目を通すこともありがいなこと。たとえ、それでも気がつかなくても、査読者や編集者をつとめる研究屋たちが気がつくことが多い。

それでもすりぬけることもある。そして、掲載されてから間違いがばれるというカッコ悪いことになる。

Beheの場合は高らかに「we can decisively conclude that random mutation did not build the machinery of life.」とやったところに、ケチがついたので、けっこうカッコ悪いことになっている。

タグ:id理論
posted by Kumicit at 2007/08/07 02:14 | Comment(0) | TrackBack(0) | Skeptic | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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